Las propuestas de compromiso presentadas por la presidencia británica han reunido un amplio grado de consenso entre los Veinticinco, aunque los ministros deberán cerrar dos temas pendientes. En primer lugar, queda por pactar la gestión del nuevo Consejo Europeo de Investigación, la principal novedad del séptimo Programa Marco. El Consejo estará formado por científicos de alto nivel que definirán los objetivos, los programas y la financiación de la investigación básica de excelencia en la UE de manera autónoma.

Todos los Estados miembros aceptan que este Consejo adopte en un primer momento la forma de una agencia ejecutiva de la Comisión, porque así se puede poner en marcha más rápidamente. Pero muchos países piden que después de un periodo de funcionamiento se convierta en una Empresa Común, lo que daría más control a los Estados miembros.

El segundo tema pendiente es la participación de las pequeñas y medianas empresas en el séptimo Programa Marco. Hasta 9 delegaciones defienden, en contra de la opinión del Ejecutivo comunitario y de la presidencia británica, que se incluya una cuota mínima obligatoria del 15% de participación para las PYMES. Asimismo, reclaman que la Comisión ayude a las PYMES a través de agencias nacionales a preparar propuestas que puedan ser financiadas por el séptimo Programa Marco.

Finalmente, Italia, Polonia, Austria, Irlanda y Malta, quieren incluir en el Programa Marco una referencia específica a la necesidad de respetar los "principios éticos", con el objetivo de que los fondos europeos no financien investigaciones con células madre embrionarias. Tanto la Comisión como la presidencia británica han señalado que el séptimo Programa no es el lugar adecuado para incluir este tipo de cuestiones porque se trata de un marco general, y proponen que la discusión se lleve a cabo en los programas específicos de desarrollo.

El séptimo Programa Marco de Investigación estará organizado en 4 programas específicos: 'Ideas' (establecimiento del Consejo Europeo de Investigación); 'Capacidades' (infraestructuras y participación de las PYMES); 'Personal' (recursos humanos); y 'Cooperación' (investigación cooperativa en 9 temas: salud; alimentos, agricultura y biotecnología; tecnologías de la información y la comunicación; nanotecnologías; energía; medio ambiente; transporte; ciencias sociales y humanidades; y seguridad y espacio). España estará representada en este debate por la ministra de Educación, María Jesús San Segundo.