ELPAIS.com era finalista también en la categoría de mejor diseño de web informativo donde competía con dos de los principales medios informativos de internet, NYTimes.com (The New York Times) y washingtonpost.com (The Washington Post), además de la revista digital Slate.com.

Como mejor web de periódico en español, los otros dos medios finalistas eran ElNuevoHerald.com, edición en internet del diario El Nuevo Herald de Miami (EE UU), y AlDiaTx.com, que es la web del diario Al Día de Dallas-Fort Worth (EE UU).

Finalmente, en la categoría de mejor sitio web de entretenimiento con menos de un millón de usuarios al mes, la revista multimedia para jóvenes EP3.es ha conseguido el galardón. Competía por el premio con Explore LI, de Newsday Interactive, y Vita.mn, de The Star Tribune Company.

Los EPpy Awards se conceden desde hace 12 años con el objetivo de premiar a los mejores medios de internet de todo el mundo. Este año la compañía que contaba con más finalistas en los EPpy Awards era washingtonpost.com, que optaba a cinco de los galardones, mientras que con tres candidaturas finalistas, además de ELPAIS.com, estaban NYTimes.com y WSJ.com (The Wall Street Journal). En total se han presentado 450 candidaturas que han sido evaluadas por los 45 profesionales que integran el jurado.

En la edición de 2006 ELPAIS.com obtuvo dos premios EPpy en las categorías de mejor diseño y mejor especial informativo (por su especial multimedia Resumen del año 2005). Y en la edición de 2005 también se llevó uno de los premios, también en la categoría de mejor especial informativo, por el especial multimedia La matanza del 11-M. ELPAIS.com es el único medio español que ha obtenido algún EPpy y el medio europeo más galardonado a lo largo de la historia de estos galardones.

Tanto ELPAIS.com como EP3.es están realizados por Prisacom, la compañía del Grupo PRISA encargada de la elaboración, desarrollo y explotación de los contenidos del grupo en soporte digital.